Film Jack'in çocukluğundan başlar. İmparator olan babası ona iblis Aku'yu nasıl geldiği yere gönderdiğini anlatışından itibaren süregelir. Bu sırada Aku'nun imparatorluğu işgal etmesi ile Jack'ın babası ve halkı esir düşerler. Yalnızca Jack, annesi ve işgalden kurtabildikleri kutsal kılıç ile birlikte kaçmışlardır. Fakat anne ve oğlun yolları ayrılmış ve Jack, kötü ruhlu Aku ile savaşabilmek için birçok eğitimden geçmiştir. Aradan yıllar geçmiştir ve Jack artık ebedi kötülükle savaşmak için hazırdır. Annesi ile ayrıldıklarında kılıç imparatoriçede kalmıştı. Jack uzun ve çetin yollar aşıp annesine ve kılıca ulaştığında artık yapması gereken tek şey Aku ile çarpışmak kalıyordu.

Uzun zaman önce, uzak bir ülkede ben Aku karanlığın şekil değiştiren efendisi, serbest bırakılmış korkunç bir şeytandım. Ama, sihirli bir kılıç kullanan, ahmak bir samuray savaşçısı önüme çıkıp bana karşı koymaya çalıştı. Son darbe vurulmadan önce, zamanda bir kapı açtım. Ve onu kötü ruhumun hakim olduğu geleceğe yolladım. Ve şimdi o ahmak geçmişe dönmenin ve geleceğin kendi olan Aku'yu mahvetmenin yollarını arıyor.

Daha sonra Aku'nun mabedine gelerek bu kötü ruha kafa tutmuştur. Ve her kılıç darbesinde Aku bu samurayın ne kadar iyi ve cesur, Jack ise Aku'nun ne kadar alçak ve bir o kadar da saf olduğunu görmüştür. Bu saldırının sonunda Aku güçsüz düşmüş ve kapana kısılmıştır. Tam Jack son darbeyi vuracak iken Aku adice davranıp onu büyü ile uzak bir zamana yollamıştır. 1.000 yıl ileriye... Ve işte asıl hikâye de burada başlar. Jack uçan arabaların, robotların, uzaylıların, konuşan köpeklerin, perilerin, cadıların, binlerce farklı medeniyetin ve Aku'nun böcek robotlarının, en önemlisi de gelecekte kainatın efendisi gibi görülen herkesin korktuğu kötü büyücü Aku'nun ülkesinde binlerce düşmanın içinde ve her zaman Aku tarafından gözlenerek bir çıkış kapısı aramakta ama her seferinde Aku tarafından hüsrana uğratılmakta olan bu asil prens, bir gün bu karanlık korkak ruhu yeneceğine inanmaktadır...