Dünya ve Mars arasındaki "Kıyamet Savaşı" diye bilinen büyük savaştan 300 yıl sonra, Cordelia isimli bir kadın Dünya hükümetinin kontrolünde olan Mars şehri Chryse'nin bağımsızlığı adına mecliste konuşmak amacıyla insanlığın beşiğine doğru yolculuğa çıkar. Kendisine eşlik edenlerse, özel güvenlik şirketi CGS'nin çalışanları Mikazuki Augus ve Orga Itsuka'dır. Gjallarhorn isimli bir grup Cordelia ve CGS'ye saldırınca, Orga bunu CGS'ye karşı isyan etmek için bir fırsat olarak görür ve darbe yapar. Böylece, Mikazuki ve Orga kendilerini yeni bir mücadelenin içinde bulurlar. Gjallarhorn'u geri püskürtmek için, Mikazuki nükleer reaktörle çalışan Kıyamet Savaşı'ndan kalma eski bir mobil süitin, Gundam Barbatos'un kokpitine girer.