Hikâyemiz, Sugomori isimli kurgusal bir şehirde geçmektedir. Lise öğrencisi Katsuhira Agata, güçlü bir bedene sahiptir ve nedeni bilinmedik bir şekilde acı hissetmemektedir. Günün birinde, sınıf arkadaşı olan Noriko Sonosaki, Katsuhira Agata’ya “ Sen bir Kiznaiver olarak seçildin” der. Kizuna Sistemi, Katsuhira’nın acılarını paylaşmasına izin vermesinin yanı sıra yaşadıkları hayatları ve kişilikleri tamamıyla farklı olan sınıf arkadaşlarına da bağlanmasını sağlamaktadır. Bu sisteme bağlı olan herkese "Kiznaiver" denir. Bir Kiznaiver acı hissettiğinde, sistem bu acıyı diğer Kiznaiver'ler arasında eşit olarak dağıtmaktadır.