2. Dünya Savaşı arefesi, 1937 yılı. Japon İmparatorluk Ordusu'ndan Yarbay Yuuki, himayesi altında orduya istihbarat sağlamak amacıyla "D Örgütü" adlı bir casus programına start verir. Merkez Karargâh da, Üsteğmen Sakuma'yı birimin performansını incelemesi için bu programa dâhil eder. Böylece, D Örgütü Japon askerî personelle sınırlı kalmayıp ülke çapında büyük bir arayışa girişir. Bir yandan da Yuuki, organizasyonun temel ilkelerini oluşturur ki bunlar imparatorluk ordusunun ana doktrinine aykırıdır: "Öldürme, öldürülme, yakalanma."